Пространственная картина сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме

Организм млекопитающих состоит из более чем 200 типов клеток почти все они имеют одинаковый геном но отличаются морфологией и функциями. Эти различия обусловлены специфическим для каждой клетки генным регуляторным механизмом. Геном млекопитающих имеет сложную организацию регуляторных последовательностей связанных с различными регуляторными элементами. Линейная ДНК в ядре сворачивается очень сложным образом и это сворачивание приближает друг к другу удаленные друг от друга участки. Сочетание различных ДНК-связывающих белков таких как транскрипционные факторы и гистоны; эпигенетические метки такие как положение генов и динамическая модификация ДНК и гистонов; трехмерная организация регуляторного ландшафта взаимодействуют повсеместно и специфично для клеток создавая сложные пространственно-временные паттерны экспрессии. Подходы основанные на иммунопреципитации хроматина (ChIP seq) и захвате конформации хромосом (Hi C и 5C) могут быть интегрированы с дробным секвенированием всего транскриптома (RNA-Seq) для расшифровки пространственного паттерна связывания регуляторных элементов с их генами-мишенями.