Allevamento molecolare e risorse genetiche del riso Tulaipanji

Questo libro tratta i vari aspetti delle variazioni SNPs/Indels nelle linee di progenie (Tulaipanji x Ranjit) e nelle risorse genetiche del riso selvatico Oryza rufipogon. Le germoplasmi di riso sono state descritte in base alle proprietà morfo-fisico-chimiche all'analisi GCMS al SEM del chicco e dei granuli di amido. Per l'estrazione degli alleli è stata illustrata la tecnologia TILLING/Eco-TILLING basata sulla genetica inversa. In questo studio è stato utilizzato il metodo GBS basato su NGS (Illumina) per analizzare le variazioni SNP e InDel e il loro modello di introgressione nelle linee di progenie F5 (P-awn e P-awnless). Il numero totale di SNP identificati era di 52.810 e di InDel 4327. Queste varianti non erano distribuite uniformemente sui 12 cromosomi (in base al Golden Helix G Browser). Lo studio ha mostrato che su 10013 alleli il 9252% è stato introgredito in P-awn da Tulaipanji e il 7485 da Ranjit mentre P-awnless ha trasportato l'8919% da Ranjit e il 1081% da Tulaipanji. Ciò è dovuto a una distorsione della segregazione. Molte variazioni SNP sono associate a tratti importanti. Come la GA20-ossidasi (gene sd1) l'argonauta e la proteina Dicer con dominio PAZ. I file Fastq di quattro linee di riso con il n. di accenzione SRA dell'NCBI. SRP077861 SRP077919 SRP077947 E SRP077977.