Os antibióticos são considerados balas mágicas/drogas mágicas uma vez que têm como alvo os organismos que produzem a doença. Infelizmente podem não ser eficazes num futuro próximo devido à resistência aos antibióticos que conduz a infecções potencialmente fatais. Assim devem ser utilizados judiciosamente quando indicado como em casos de infeção disseminada e persistente e para profilaxia em condições indicadas pela Associação Americana de Endodontistas. Os antibióticos β-lactâmicos são o fármaco de eleição no tratamento de infecções endodônticas. Os antibióticos devem ser utilizados em doses elevadas durante um período de tempo tão curto quanto a situação clínica o permita uma vez que uma duração mais curta diminui o risco de desenvolvimento de toxicidade induzida por antibióticos e de resistência aos antibióticos. Para ultrapassar a resistência aos antibióticos foram desenvolvidos lipossomas que actuam como chamarizes de toxinas. A toxina que entra em contacto com o lipossoma liga-se e torna-se inútil. Se necessário podem ser utilizados em antibióticos em infecções muito graves e potencialmente fatais para vencer a resistência aos antibióticos.