Il Bhut Jolokia è risultato infetto da un complesso di malattie virali causate da quattro virus ovvero il virus del mosaico del cetriolo (CMV) il virus Y della patata (PVY) il virus della necrosi delle gemme dell'arachide (GBNV) e il virus dell'arricciamento fogliare del peperoncino (ChLCV). L'incidenza e l'individuazione dei virus sono state effettuate sulla base della sintomatologia dell'insetto vettore del test DAS-ELISA e della PCR. Per gestire il complesso di malattie è stato adottato un approccio integrato che comprendeva vari trattamenti come il trattamento delle sementi il trattamento in vivaio e il trattamento in campo in diverse combinazioni.