Développements en phylogénomique

Cette thèse présente les développements bioinformatiques ayant abouti à la création de 2 logiciels. Tout d'abord nous plongerons dans l'inférence phylogénétique présentant un état de l'art du domaine puis en détaillant l'implémentation de MetaPIGA 2 un logiciel qui permet d'inférer une phylogénie via l'utilisation de méta-heuristiques. Quatre méta-heuristiques ont été adaptées pour cette problématique : un hill climbing un recuit simulé un algorithme génétique et l'algorithme génétique méta-populationnel. Ensuite nous mettrons en avant une approche phylogénétique pour la génomique comparative en développant le logiciel MANTiS qui permet d'explorer le contenu d'une sélection de génomes eucaryotes le long d'une phylogénie. Nous y expliquerons comment les relations d'homologie sont identifiées à l'aide d'arbres phylogénétiques et comment nous pouvons suivre l'historique des événements de duplication au cours de l'évolution déterminer quand un caractère a été gagné et perdu reconstituer le contenu des génomes ancestraux et étudier l'évolution fonctionnelle d'un génome au cours du temps. Cet ouvrage s'adresse aussi bien à qui s'intéresse à la biologie et/ou à l'informatique.