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Uma doença autoimune desenvolve-se quando o sistema imunitário que defende o corpo contra doenças decide que as células saudáveis são estranhas. Como resultado o sistema imunitário ataca as células saudáveis. Dependendo do tipo uma doença autoimune pode afetar um ou vários tipos diferentes de tecidos do corpo. Também pode causar crescimento anormal dos órgãos e alterações na função dos órgãos. Assim uma doença autoimune é um estado patológico que surge de uma resposta imune anormal do corpo a substâncias e tecidos que estão normalmente presentes no corpo. A autoimunidade por outro lado é a presença de uma resposta imune auto-reativa (por exemplo autoanticorpos células T auto-reativas) com ou sem danos ou patologia resultantes disso. Isso pode estar restrito a certos órgãos (por exemplo na tireoidite autoimune) ou envolver um tecido específico em diferentes locais (por exemplo a doença de Goodpasture que pode afetar a membrana basal tanto no pulmão quanto no rim).