A necessidade de terapêuticas mais seguras contra infeções gastrointestinais com efeitos nocivos reduzidos sobre a microbiota intestinal positiva é discutida neste trabalho principalmente no que diz respeito à crescente resistência dos agentes patogénicos aos antibióticos. Uma vez que muitos fitoquímicos possuem uma forte atividade antimicrobiana específica este trabalho centra-se em produtos derivados de plantas que atuam seletivamente no contexto da sua atividade inibidora sobre os agentes patogénicos intestinais em comparação com o seu impacto reduzido sobre a microbiota intestinal residente benéfica dos seres humanos. Como resultado da parte experimental um alcalóide natural a 8-hidroxiquinolina (8HQ) foi selecionado como o fitoquímico com a seletividade mais pronunciada entre os 26 produtos derivados de plantas testados. A sua atividade foi também analisada por um método que combina hibridização fluorescente in situ e citometria de fluxo. Além disso a seletividade da 8HQ foi utilizada na prática para o desenvolvimento de um meio seletivo melhorado para o isolamento de bifidobactérias a partir de fezes. Conclusivamente sugere-se a realização de mais pesquisas sobre fitocompound como agentes antibacterianos mais seguros.