Die anaerobe Vergärung ist eine Reihe chemischer Reaktionen bei denen organisches Material durch die Stoffwechselwege natürlich vorkommender Mikroorganismen in einer sauerstoffarmen Umgebung zersetzt wird. In der Natur findet diese Art der Zersetzung typischerweise in warmen feuchten und dunklen Umgebungen statt wie z. B. im Verdauungstrakt. Die Mikroorganismen werden im biotechnologischen Prozess der anaeroben Vergärung sowohl zur Reduzierung der durch organische Abfälle verursachten Umweltverschmutzung als auch zur Erzeugung von Methan das als Brennstoff verwendet werden kann genutzt. Die Anzahl und Art der in den Fermentern vorhandenen Mikroorganismen hängt wahrscheinlich von der Art des Fermenters seinen Betriebsbedingungen und der Abfallzusammensetzung ab. Anaerobe Fermenter können für jedes kohlenstoffhaltige industrielle Abwasser verwendet werden z. B. in der Lebensmittelverarbeitung in der Zellstoff- und Papierindustrie in Zucker- und Brennereien in Schlachthöfen in Käsemolkereien und Molkereien in der Brauindustrie und in kommunalen Kläranlagen. Außerdem stellen sie eine effektive Methode dar um aus verschiedenen Abfällen Rückstände Biogas (reich an Methan das zur Erzeugung von Wärme und/oder Strom verwendet werden kann) Fasern (die als nährstoffreicher Bodenverbesserer verwendet werden können) und Lauge (die als Flüssigdünger verwendet werden kann) zu gewinnen.
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