A diversidade metabólica das bactérias torna-as um recurso útil para a remediação da poluição no ambiente. As bactérias têm sido utilizadas na limpeza de derrames de petróleo PCBs e metais pesados tais como arsénico mercúrio cádmio e chumbo. Há exemplos adequados que sugerem que há poucas ou nenhumas substâncias que não possam ser utilizadas pelo menos em parte por micróbios para a realização metabólica. A biodegradação é uma alternativa atraente às práticas actuais de eliminação de resíduos uma vez que é geralmente um processo mais barato potencialmente muito mais eficiente e não produz poluentes secundários tais como os associados à incineração e à deposição em aterro. Em alguns casos pode mesmo ser possível obter produtos finais úteis com benefícios económicos do metabolismo bacteriano de poluentes por exemplo etanol para utilização em biocombustíveis.