I geni della virulenza dei batteri patogeni che codificano per tossine adesine invasine o altri fattori di virulenza possono essere localizzati su elementi genetici trasmissibili quali trasposoni plasmidi o batteriofagi. Inoltre tali geni possono far parte di particolari regioni del cromosoma batterico denominate isole di patogenicità (PAI). Le isole di patogenicità si trovano sia nei batteri Gram-negativi che in quelli Gram-positivi. Sono presenti nel genoma dei ceppi patogeni di una determinata specie ma assenti o presenti solo raramente in quelli delle varianti non patogene della stessa specie o di specie correlate. Comprendono ampie regioni di DNA (fino a 200 kb di DNA) e spesso contengono più di un gene di virulenza il cui contenuto di G+C spesso differisce da quello del resto del genoma batterico. Nella maggior parte dei casi i PAI sono affiancati da sequenze di DNA specifiche come ripetizioni dirette o elementi di sequenza di inserzione (IS). Inoltre i PAI di alcuni batteri (ad esempio Escherichia coli uropatogeno Yersinia spp. Helicobacter pylori) hanno la tendenza a essere eliminati con frequenze elevate o possono subire duplicazioni e amplificazioni.
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