Pour les besoins des écosystèmes aquatiques la qualité de l'eau doit être bonne et des risques environnementaux et sanitaires apparaissent lorsque les eaux sont polluées et deviennent impropres à l'usage. Or la pollution des eaux au Tchad est due aux activités humaines (déchets domestiques industriels et agricoles) mais aussi à une cause naturelle (composition géologique des sols déjections animales). Cette pollution entraîne des problèmes graves à long et à court terme pour l'écosystème. Les risques et les symptômes à long terme dépendent de la dose et de la durée d'exposition. Les maladies développées ont souvent une origine chimique : saturnisme lié au plomb arsenic mercure chrome nitrate cancers liés aux hydrocarbures... présents dans l'eau. Les principaux risques sanitaires à court terme liés à l'eau au Tchad sont généralement d'origine infectieuse. Ils proviennent de la présence de micro-organismes. Les effets sont généralement bénins (troubles digestifs mycoses) mais peuvent être plus importants (hépatite leptospirose typhoïde choléra légionellose...). Les différentes formes de pollution pollution industrielle pollution agricole ordures matières fécales déchets biomédicaux les activités humaines sont à l'origine de ces problèmes mais ne forgent pas l'inefficacité des politiques gouvernementales.
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