Os microrganismos desempenham um papel inequívoco na infeção do sistema de canais radiculares. As infecções endodônticas ocorrem e progridem quando o sistema de canais radiculares é exposto ao ambiente oral por uma razão ou outra e simultaneamente quando há uma queda na resposta imunitária do organismo.O objetivo substancial da terapia endodôntica é criar um ambiente biologicamente adequado no interior do sistema de canais radiculares que seja propício à cicatrização e à manutenção da saúde dos tecidos perirradiculares. As bactérias são um dos principais factores que causam distúrbios nos tecidos pulpares uma vez que invadem o espaço endodôntico através de uma variedade de vias incluindo lesões cariosas exposição pulpar traumática utilizando a corrente sanguínea ou os tecidos adjacentes. As bactérias encontradas na patogénese das doenças endodônticas variam entre anaeróbios facultativos aeróbios e as espécies mais resistentes capazes de sobreviver a condições adversas no ambiente circundante. Utilizando a irrigação a ação mecânica e as propriedades antibacterianas das soluções irrigantes a erradicação das bactérias e o sucesso do tratamento pós-endodôntico estão assegurados.