Mikroorganizmy odgrywają jednoznaczną rolę w infekowaniu systemu kanałów korzeniowych. Infekcje endodontyczne pojawiają się i postępują gdy system kanałów korzeniowych zostaje wystawiony na działanie środowiska jamy ustnej z jednego lub drugiego powodu a jednocześnie gdy dochodzi do spadku odpowiedzi immunologicznej organizmu.Głównym celem leczenia endodontycznego jest stworzenie biologicznie odpowiedniego środowiska w systemie kanałów korzeniowych które sprzyja gojeniu i utrzymaniu zdrowia tkanek okołowierzchołkowych. Bakterie są jednym z głównych czynników powodujących zaburzenia w tkankach miazgi ponieważ wnikają one do przestrzeni endodontycznej różnymi drogami w tym przez zmiany próchnicowe urazowe obnażenie miazgi poprzez strumień krwi lub przez sąsiednie tkanki. Bakterie występujące w patogenezie chorób endodontycznych różnią się od fakultatywnych beztlenowców przez tlenowce do najbardziej odpornych gatunków zdolnych do przetrwania niekorzystnych warunków w otaczającym środowisku. Zastosowanie irygacji działania mechanicznego i właściwości antybakteryjnych roztworów irygacyjnych zapewnia eliminację bakterii i powodzenie leczenia po leczeniu endodontycznym.