Mikrobiota jelitowa stanowi złożony ekosystem probiotyków które odgrywają ważną rolę w leczeniu ostrej biegunki infekcyjnej. W konsekwencji nastąpił szybki wzrost liczby szczepów bakteryjnych o określonych korzystnych funkcjach (probiotyków). Ochronny wpływ bakterii probiotycznych na patogeny przewodu pokarmowego i mechanizmy ich działania są jednym z obszarów największego zainteresowania. Szczepy z rodzaju Bifidobacterium są głównymi członkami mikrobioty jelitowej i jedną z głównych grup probiotyków. Rodzaj ten jest uważany za niezbędny do utrzymania równowagi jelitowej.