Em vez de enviar o oxigénio para o cátodo é enviada a hidrogenase um ativador de protões. Os iões positivos de hidrogénio ao atingirem o cátodo reúnem-se com os electrões e formam hidrogénio utilizando a hidrogenase activadora de protões. Este hidrogénio pode ainda ser utilizado redireccionando-o para a entrada como combustível de modo a que o hidrogénio não tenha de ser desperdiçado na formação de água. A formação de hidrogénio utilizando a hidrogenase activadora de protões a partir dos iões de hidrogénio e dos electrões é uma das etapas de um método denominado Biofotólise.
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