Au lieu d'envoyer l'oxygène du côté de la cathode on envoie l'hydrogénase un activateur de protons. Les ions hydrogène positifs une fois arrivés à la cathode sont réunis avec les électrons et forment de l'hydrogène à l'aide de l'activateur de protons qu'est l'hydrogénase. Cet hydrogène peut être utilisé en le redirigeant vers l'entrée en tant que carburant de sorte qu'il n'est pas nécessaire de gaspiller l'hydrogène en formant de l'eau. La formation d'hydrogène à l'aide de l'hydrogénase activatrice de protons à partir des ions hydrogène et des électrons est l'une des étapes d'une méthode appelée biophotolyse.
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