O uso de agentes antifúngicos é essencial no tratamento de micoses especialmente em pacientes imunocomprometidos. No entanto o aumento da resistência está a comprometer a eficácia dos tratamentos devido a mutações genéticas à ativação de bombas de efluxo e à formação de biofilmes. Face a este desafio é fundamental reforçar a vigilância epidemiológica e melhorar os métodos de deteção. As perspectivas de luta contra a doença incluem a otimização das terapias combinadas o desenvolvimento de novas moléculas que visem os mecanismos de virulência dos fungos e a promoção de uma utilização mais racional dos agentes antifúngicos para evitar o aparecimento de novas resistências.