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L'ortologia e la paralogia sono concetti centrali nella biologia evolutiva. La previsione di ortologhi (geni omologhi che divergono a causa della speciazione) e paraloghi (geni omologhi che divergono a causa della duplicazione) è parte integrante di molti metodi di genomica comparativa. Esistono numerosi metodi utilizzati per dedurre l'ortologia e la paralogia. Gli ortologhi e i paraloghi possono essere dedotti utilizzando metodi basati su grafi e filogenetici. Tuttavia i metodi basati sulle ana