A separação de compostos de alto peso molecular é muito difícil se é que é possível em condições isocráticas sendo necessária a eluição por gradiente. A teoria da eluição por gradiente para moléculas pequenas está bem estabelecida; no entanto as suas aplicações em separações por gradiente de fase reversa de biopolímeros não são simples devido a problemas específicos tais como difusão lenta acessibilidade limitada da fase estacionária para moléculas maiores ou possíveis alterações na conformação da amostra durante a eluição. A cromatografia líquida de alta eficiência tem sido utilizada para investigar o comportamento cromatográfico de fase reversa de diferentes proteínas. Utilizando um sistema de água/solvente orgânico/ácido trifluoroacético foi examinada a influência dos parâmetros experimentais; os resultados cromatográficos de diferentes suportes de fase estacionária foram comparáveis.
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