I marcatori molecolari in particolare i microsatelliti o le ripetizioni di sequenze semplici (SSR) sono stati utilizzati nella tecnica di selezione assistita da marcatori (MAS) per determinare la tolleranza alla salinità nel riso. Questa tecnica accelera il processo di coltivazione del riso migliorando significativamente l'efficienza della selezione. Sono state utilizzate quaranta varietà per studiare l'effetto dello stress salino sulla crescita delle piantine e l'efficienza dei marcatori SSR per la selezione delle varietà tolleranti al sale. La fenotipizzazione delle varietà nella fase di piantina è stata effettuata utilizzando una soluzione di coltura salinizzata (EC=12ds/m) in condizioni controllate nella serra del Bangladesh Institute of Nuclear Agriculture (BINA). Le varietà tolleranti al sale hanno mostrato una crescita stentata con una riduzione della superficie fogliare rispetto alle varietà coltivate in condizioni non saline. Le piantine cresciute da semi normali erano più vigorose rispetto a quelle coltivate da semi provenienti da condizioni saline. Questo risultato ha indicato un impedimento al vigore dei semi dovuto allo stress salino.
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