Sequenziamento e caratterizzazione genetica

Il banano (genere Musa) è un'importante coltura economica e alimentare. Le piante di banano sono attaccate da numerosi patogeni batterici fungini e virali. Uno dei più importanti patogeni virali del banano è il Banana bunchy top virus (BBTV) che causa la malattia della cima del banano (BBTD). In India l'industria della banana ha affrontato il problema del BBTV dalla fine degli anni '80 quando una grave epidemia ha causato drastiche perdite economiche. Il genoma del BBTV comprende almeno sei componenti integrali di molecole circolari di DNA a singolo filamento (cssDNA) ciascuna di dimensioni pari a circa 1 Kb. Il BBTV appartiene al genere Babuvirusin Nanoviridae una delle tre famiglie di virus cssDNA. È trasmesso dall'afide nero del banano Pentalonia nigronervosa Coq. Le informazioni sul BBTV in Kerala sono limitate. È fondamentale isolare e caratterizzare il virus che infetta le colture di banane in Kerala. Per caratterizzare il BBTV del Kerala il DNA-R di un isolato proveniente da vari distretti del Kerala è stato amplificato con la PCR clonato e sequenziato. L'analisi dei componenti genomici del DNA-R ha rivelato sottogruppi di BBTV in Kerala. Sulla base del DNA-R gli isolati del Kerala appartengono al sottogruppo Sud-Pacifico.