Symulacja danych z mapowania przez eksperymenty sekwencjonowania

Niedawne post?py w technologiach sekwencjonowania nowej generacji (NGS) skróci?y czas potrzebny na identyfikacj? mutacji w genetyce wyprzedzaj?cej jednym z g?ównych sposobów charakteryzowania funkcji genów u ro?lin. Metodologia stosowana do identyfikacji mutacji indukowanych przez mutageny fizyczne lub chemiczne w populacji mapuj?cej jest znana jako mapowanie przez sekwencjonowanie. W?ród ró?nych technik wykorzystuj?cych t? metodologi? wyró?nia si? mapowanie nowej generacji (NGM) poniewa? wymaga niewielkiej liczby mutantów w populacji mapuj?cej. Jednak w opublikowanych pracach nie jest jasne dlaczego parametry u?yte do utworzenia populacji mapuj?cej (liczba osobników liczba mutantów sposób krzy?owania) i do sekwencjonowania (zastosowana platforma metoda sekwencjonowania pokrycie) zosta?y wykorzystane w eksperymentach. Z tego powodu opracowano potok bioinformatyczny który umo?liwia symulacj? danych z eksperymentów wykorzystuj?cych technik? NGM z modelow? ro?lin? Arabidopsis thaliana jedn? z najcz??ciej badanych i sekwencjonowanych ro?lin w literaturze.